Die Stiftkirche
Bald nach der Gründung des Klosters im Jahre 1142 ließ Propst Konrad von Rodank eine dreischiffige Kirche erbauen, die 1198 geweiht wurde. Die romanische Anlage wurde durch den Bau des Hochchores erweitert, im gotischen Stil umgebaut und am 6. November 1485 geweiht.
Das mystische Dunkel und das Gewirr der vielen Kapellen gefiel den Menschen der Barockzeit nicht mehr. Durch große Fensteröffnungen gelangte mehr Licht in das Gebetshaus, wodurch die neue Farbenpracht des Kircheninneren besser zur Geltung kam. Die Barockisierung wurde 1735 begonnen und 1744 großteils abgeschlossen. Den genialen Baumeistern Josef Delai und Georg Philipp Appeler gelang es, eine „Harmonie von sieben Jahrhunderten und drei Baustilen" (Schrott) zu schaffen. Die Fresken schuf Matthäus Günther aus Augsburg.
Die Stiftskirche zur Himmelfahrt Mariä zeigt in den Fresken die Verehrung der Gottesmutter Maria, Leben und Wirken des hl. Ordensvaters Augustinus und heilige Chorherren.
Die Marienkapelle wurde 1695/1696 unter Propst Fortunat Troyer erbaut. Die Fresken stammen von Kaspar Waldmann und Egidius Schor.
Im Jahr 2014 wurde eine neue Stiftsorgel der Fa. Metzler aus der Schweiz eingebaut.
Die beiden Pestpatrone Sebastian und Rochus erinnern an das unheilvolle Jahr 1636, als die Hälfte der Neustifter Bevölkerung von der Pest weggerafft wurde. Damals gelobten die Neustifter, jährlich am Rochustag (16.August) einen feierlichen Gottesdienst zu halten und Brot von 27 Star Roggen an die Armen zu verteilen. Seit vielen Jahren wird der Gottesdienst zu Ehren des hl. Sebastian gehalten.
Die 2000/2001 und später aufgedeckten Fresken an der Nordwand sind ein Bilderbuch zum Leben der hl. Margareth. Sie wurden wohl kurz vor der Kirchweihe 1452 geschaffen. An die Pfeiler malte der Künstler Frauengestalten (Tugenden und Laster) mit interessanten Spruchversen, die das Lebensgefühl jener Zeit wiedergeben.
Das Türmchen der Margarethenkirche bekam 1687 eine barocke Kuppel und Laterne; Meister Peter Delai zeichnete den Plan und organisierte die Arbeiten. Die Orgel ist ein Werk des bekannten Orgelbauers Anton Behmann (1909).
Pfarrei Neustift
Neustift war im Mittelalter eine Filialgemeinde der Pfarre Natz und wurde um die Mitte des 15. Jahrhunderts selbständige Pfarrei. Beide Pfarren wurden und werden von Neustifter Chorherren betreut. Neben der Stiftskirche wurde schon früh eine eigene Pfarrkirche erbaut: eine Kapelle zur hl. Margareth wird 1293 erstmals erwähnt. Eine bedeutende Rolle im kirchlichen Leben spielten bis ins 20. Jahrhundert die Bruderschaften. Im Jahr 1440 wurde in der Margarethenkirche die „Bruderschaft Unserer Lieben Frau" errichtet. Diese wurde 1662 erneuert und 1675 in die Stiftskirche übertragen. Da sie viele Mitglieder in Neustift und in der näheren und weiteren Umgebung hatte, verfügte sie über ansehnliche Geldmittel und trug wesentlich zur Ausstattung des Gotteshauses bei. Bei Gelegenheit der Volksmission, im Jahr 1848 von den Redemptoristenpatres in Neustift und Natz abgehalten, wurden die Standesbündnisse (Ehemänner, Ehefrauen, Junggesellen und Jungfrauen) als geistliche Vereine errichtet. Bis in die neueste Zeit waren sie von großer Bedeutung für das Pfarrleben. Durch die Einführung der Pfarrgemeinderäte und die erneuerte Liturgie nehmen die Laien viel stärker am Pfarrleben teil und gestalten es wesentlich mit.
Die St. Margarethenkirche
Die erstmals 1293 erwähnte Margarethenkirche wurde um 1440 im gotischen Stil umgebaut und 1452 vom Brixner Bischof Kardinal Cusanus geweiht. Im Jahr 1419 stiftete der bekannte Dichter und Sänger Oswald von Wolkenstein ein Nachtlicht (ewiges Licht) als Dank dafür, dass seine Frau Margareth (offenbar auf die Fürbitte ihrer heiligen Namenspatronin) nach einer Krankheit oder nach einer schweren Geburt die Gesundheit wieder erlangt hatte. In den Jahren 1664/1665 wurde die Kirche mit den jetzigen barocken Altären von Giacomo Delai ausgestattet. Auf dem Hochaltarbild ist die hl. Margareth mit dem Drachen dargestellt. Stephan Kessler schuf das rechte Seitenaltarbild des hl. Sebastian.